Do tầm xa hoạt động ngắn, U-9 chỉ đảm nhiệm vai trò tàu huấn luyện tại các trường tàu ngầm Đức trong biển Baltic trước Thế Chiến II. Tuy nhiên, do tình trạng thiếu hụt tàu ngầm sau khi xung đột bùng nổ, nó được huy động vào tác chiến và thực hiện tổng cộng bảy chuyến tuần tra tại khu vực Bắc Hải, đánh chìm được tám tàu đối phương.[3][1]

Được điều động sang Chi hạm đội U-boat 30 vào năm 1942, U-9 được tháo dỡ từng phần và vận chuyển dọc theo sông Danube đến cảng Galați của România, nơi nó được lắp ráp lại tại Xưởng tàu Galați và được gửi đến Hắc Hải.[4] Ngoài khơi Sochi vào ngày 27 tháng 12, 1942, lúc 16 giờ 20 phút, một tàu quét mìn Liên Xô đã thả tám quả mìn sâu tấn công, khiến U-9 bị hư hại nhẹ.[1]

Đến ngày 31 tháng 3, 1944, chiếc tàu ngầm đang ở trong cảng Feodosia, Crimea để tiếp nhiên liệu khi nó bị 18 máy bay cường kích Ilyushin Il-2 tấn công. Con tàu bị hư hại do hỏa lực súng máy bắn phá và một quả bom gây một vết lỏm trên vỏ chịu áp lực bên mạn trái phía sau tàu. Mảnh đạn đã làm bị thương hạm trưởng, người trực tiếp vận hành khẩu pháo 20 mm phòng không. Ngoài khơi Yalta vào ngày 10 tháng 4, mìn sâu lại gây hư hại nhẹ cho con tàu.[1]

Tại cảng Constanţa, România vào ngày 20 tháng 8, 1944, U-9 trúng bom ném từ máy bay Liên Xô, và đắm lúc 10 giờ 30 phút tại tọa độ 44°12′B 28°41′Đ / 44,2°B 28,683°Đ / 44.200; 28.683. Lực lượng Xô Viết chiếm Constanţa và trục vớt con tàu vào ngày 22 tháng 10, 1944 rồi kéo nó đến Mykolaiv vào năm 1945. Nó được sửa chữa và nhập biên chế cùng Hải quân Liên Xô như là chiếc TS-16, nhưng tình trạng vật chất quá kém nên buộc phải tháo dỡ vào ngày 12 tháng 12, 1946.[1]

Tóm tắt chiến công

U-9 đã đánh chìm tám tàu đối phương với tổng tải trọng 17.221 gross register tons (GRT) cùng gây hư hại cho một tàu chiến tải trọng 412 tấn: